В системе профсоюзов общее руководство деятельностью санаторно-курортных и оздоровительных учреждений возложено на ВЦСПС, планирование развития их сети производится ВЦСПС совместно с Госпланом СССР, министерствами и ведомствами, Советами Министров союзных республик.

Для практического руководства санаториями, пансионатами и домами отдыха образован Центральный совет по управлению курортами профсоюзов, работающий под началом ВЦСПС в тесном контакте с советами профсоюзов, Министерством здравоохранения СССР и министерствами здравоохранения союзных республик. В республиках, краях и областях созданы республиканские, территориальные, краевые, областные советы по управлению курортами профсоюзов; непосредственно руководят их работой как Центральный совет по управлению курортами профсоюзов, так и соответствующие советы профсоюзов.

В функции Центрального совета по управлению курортами профсоюзов входит: руководство организацией лечения и отдыха трудящихся, финансово-хозяйственной деятельностью здравниц; подготовка и осуществление планов их развития, использования гидроминеральных ресурсов; координация деятельности санаторно-курортных и оздоровительных учреждений независимо от их ведомственной подчиненности в части, относящейся к использованию лечебных факторов и организации курортного режима. Центральный совет также распределяет выделенные ВЦСПС централизованные капиталовложения на развитие и укрепление материальной базы здравниц, организует повышение квалификации работников здравниц профсоюзов и решает ряд других вопросов. Совместно с отделом ВЦСПС по государственному социальному страхованию он готовит проект плана распределения путевок и представляет его на утверждение Президиума ВЦСПС.

Республиканские, краевые, областные, территориальные советы по управлению курортами профсоюзов осуществляют практическое руководство всей лечебно-профилактической, финансово-хозяйственной деятельностью находящихся в их ведении санаторно-курортных учреждений и подсобных хозяйств; разрабатывают планы строительства, реконструкции и благоустройства здравниц, организуют их выполнение. Их задачей является реализация путевок в соответствии с утвержденными планами, организация контроля и ревизий финансово-хозяйственной деятельности подведомственных учреждений и решение ряда других вопросов, относящихся к практической деятельности по руководству здравницами.