В случаях систематического невыполнения установленных планов по оздоровлению трудящихся штаты санатория-профилактория и объемы его финансирования могут быть приведены в соответствие со среднегодовыми фактическими объемами оздоровления.

Контроль за финансовой деятельностью санатория-профилактория осуществляется профкомом, его ревизионной комиссией, а также соответствующими вышестоящими профсоюзными органами.

Возглавляет санаторий-профилакторий главный врач, утверждаемый в этой должности профкомом по согласованию с администрацией предприятия. В Типовом положении довольно подробно изложены обязанности и права главного врача санатория-профилактория. В частности, он совместно с врачами учреждений здравоохранения и работниками санатория-профилактория обеспечивает изучение на обслуживаемом предприятии состояния здоровья, заболеваемости трудящихся, потерь рабочего времени вследствие болезней, разработку и реализацию мер по их снижению; проведение анализа эффективности лечения в санатории-профилактории; несет ответственность за организацию лечения обслуживаемых лиц, оздоравливаемых в санатории-профилактории.
Медицинский отбор трудящихся для направления в санаторий-профилакторий проводится врачами медико-санитарной части предприятия или территориальной поликлиники, обслуживающей предприятие, с участием врача санатория-профилактория в соответствии с рекомендациями, утвержденными Главным управлением лечебно-профилактической помощи Министерства здравоохранения СССР, согласованными с отделом ВЦСПС по государственному социальному страхованию.

В здравницу не должны направляться и приниматься лица, которым требуется стационарное лечение, специальный уход, страдающие инфекционными, психическими, венерическими заболеваниями, злокачественными новообразованиями, алкоголизмом, а также больные в период временной нетрудоспособности.

Для лучшей организации специализированной медицинской помощи отбор нуждающихся в оздоровлении лиц проводится, как правило, с однородными заболеваниями (сердечнососудистой системы, органов пищеварения и др.).

В целях установления единого распорядка работы санатория-профилактория рекомендуется направлять в него лиц преимущественно из одной смены.
План оздоровления желательно формировать таким образом, чтобы обеспечивать работу санатория-профилактория по непрерывному графику заездов (14—15 смен в действующем круглогодично и 10—11 смен — в санатории-профилактории, на базе которого в летнее время развернут пионерский лагерь).